tami0806's diary

ネットのメモ帳

小保方晴子のSTAP細胞論文の疑惑

 2014年3月13日木曜日

まとめ：不適切なデータ処理・加工・流用、文章剽窃

 
１）　小保方晴子氏のSTAP細胞論文(Nature誌のArticleとLetter）や博士論文、Tissue Eng Part A誌論文の多数の実験画像において不適切なデータ処理・加工（改竄）・流用が疑われています。特に、STAP細胞の多能性を示す図（Fig.2e, Fig.2d）が、STAP細胞とは無関係の小保方氏の博士論文からの流用であることが発覚し、共著者の山梨大の若山教授が論文撤回を呼びかけることとなりました。
２）　STAP細胞論文には、Guo Jianliらの論文から「１７行」にわたる文章の剽窃や、Robert Blellochらの論文からの文章剽窃が認められ、「論文の記述通りに実験を行っていなのいのではないのか？」という疑惑も浮上しています。
３）　小保方晴子氏の博士論文の序章の"Background"のほとんどの文章や"References"の部分は剽窃（盗用）によるものです。
４）　マウスの性別やstrainを統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘されています。また、STAP幹細胞やFGF4誘導性幹細胞(FI-SC)が体細胞由来の幹細胞であることを示すデータは何一つありません。
５）　小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が問題になっています。
６）　脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が３件も発覚しています。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。
　
 参考記事：　小保方晴子氏の騒動の経緯、ニュース報道まとめ、参考サイト、ブログ管理人ツイッター、若山教授インタビュー（2/27日付け）（by tomozouh)、若山教授インタビュー（3/11日付け、論文撤回提案について）、STAP細胞の非実在について＃1, #2, #3, #4, #5 (kahoの日記)、不自然なテラトーマ画像について、理研：STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について



疑惑論文１：　Nature Article
論文タイトル：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12968
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Koji Kojima　（小島宏司）, Martin P. Vacanti　（マーティン・バカンティ）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Charles A. Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
疑惑画像１：  小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
 
 

 
 
疑惑画像２：小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。



疑惑画像３： Figure1のi のレーン３と、レーン２，４の間に境界線が認められ、この電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものであることが示唆されます。
 
 
 
Natureの実験画像に関する規程（Image integrity）によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある 場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend. 
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided. 
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls. 
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control. 
 
さらに、下記のような疑惑も上がっています。










254 ：クロ：2014/02/23(日) 19:15:38.10>>228
免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
ＴＣＲのDNA解析でレーン３のＧＬにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのＤＮＡが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなＰＣＲはない。
ＰＣＲを経験した人なら、増えるべきＤＮＡに500bpと2.5kBの２本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。

おれも最初は長いＤＮＡ断片がＰＣＲで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。

ここでＪＥＭ論文中の例（ＧＬバンドが弱いケース）を示す人がいるが
そのＪＥＭ論文でもTCRbeta D-JはＧＬのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので（ゲノム上10kb以上は離れており）、
さすがにＧＬ型のところにno bandだが。

著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のＴ細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、ＴＣＲbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
ＧＬ型の配列をもつはず（よってＪＥＭ論文のようにＧＬにバンドが出るはず）。それを知らずに馬脚を現した。

517 ：PCR：2014/02/23(日) 20:30:00.81PCRをしたことがある人に質問だが、2.2kBと500bの断片が増幅する
（しかも長いほうがやや多く含まれている）系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのＰＣＲはうまくいっていると思おうか？
ましてやそれをNatureの図に使うか？しかもレーンの切り貼りをしてまで？

>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型（つまりＴＣＲ再編成前の）ゲノムＤＮＡでは2kBちょっとしか離れていない。
それがＰＣＲで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとＪ間でのＰＣＲなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン３以外ではしっかり増えてる。 


疑惑画像４：  図 3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンド もControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。
 
 

この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
 

 


 疑惑論文２：　Nature Letter 
論文タイトル：　"Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Mitsutaka Kadota　（門田満隆）, Munazah Andrabi, Nozomu Takata　（高田望）, Mikiko Tokoro, Yukari Terashita　（寺下愉加里）, Shigenobu Yonemura　（米村重信）, Charles A Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, 

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html

小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A（疑惑論文３）の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工（上下反転など）を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、こ のNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。



疑惑画像５：  Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）で あるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。い ずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。

 ↓　Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。
 
 
 
朝日新聞の記事→　共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若 山教授はＳＴＡＰ細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったとい う。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。１人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つと いう。　加えて「論文を何度も書き直し、最終的に２枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。（Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。）
 
疑惑画像６： Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure（長時間露光）写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか？という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。 また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのES キメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両 者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1a とFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によると ＳＴＡＰキメラは１０匹作製され、そのうち６匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきで しょう。
 
疑惑画像７： 
 
蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。
FACSの基本中の基本です。
 
 

 

Contributions

H.O. and Y.S. wrote the manuscript. H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. assisted with H.O.’s experiments. H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.
なお、論文におけるContributionにおける記載内容から、
Mikiko Tokoro（野老美紀子）氏と、Yukari Terashita（寺下愉加里）氏が、小保方氏の実験補助をしていたと推測されます。
 
この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
https://pubpeer.com/publications/24476891
 
 
 
疑惑論文３：　Tissue Eng Part A　
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）
論文タイトル：　 "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Koji Kojima　（小島宏司）, Karen Westerman, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Teruo Okano　（岡野光夫）, Satoshi Tsuneda　（常田聡）, Charles A Vacant　（チャールズ・ヴァカンティ）, Tissue Eng Part A, 17 (2011)
http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/ten.TEA.2010.0385?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed&
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20883115
 
Tissue Eng論文（学位業績）は、類似画像の多さからみて、うっかりミスによる貼り間違えなどという弁明は厳しいでしょう。これほどの多数の類似画像は、データ流用の故意性もしくは著者らのデータ管理の杜撰さ、研究内容の信頼性の低さを示唆しています。
東大医の小室氏（元千葉大医）らのように生データを紛失したとして真相をうやむやにし、プロトコルまで変えて再実験し、大量訂正するという逃れ方もできますが、いずにしろ、データ管理が不十分であると、誰も信用しなくなるでしょう。

なお、小保方晴子氏の学位取得に重要であった"Tissue Eng Part A"の論文のデータ流用疑惑については、この研究に科学研究費が使用されているようなので、文部科学省（日本学術振興会）や早稲田大学へ、制度に度づいて、調査を要求することができます。
　→　
（再生医療本格化の為の上皮細胞を中心とした新規組織工学技術の開発 Research Project Number:08J05089）
 
類似画像８：
Fig.2のFgf5のバンド画像と、Fig.3のNat1のバンド画像が類似しており、データの流用が疑われます。
 
 
類似画像９： 
Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3の Criptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下 反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 


 
 

類似画像１０：　Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道に よると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用 はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異 常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせず に、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰な データ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
 
類似画像１１：　
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。

↓　Tissue Eng Part A誌論文のFig.1


 

↓　博士論文のFig.6



この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
https://pubpeer.com/publications/20883115



 
疑惑論文４：　Nature Protocol　
論文タイトル：　"Reproducible subcutaneous transplantation of cell sheets into recipient mice"
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Masayuki Yamato,　（大和雅之）, Satoshi Tsuneda, Teruo Okano　（岡野光夫）, Nat Protoc, 6 (2011)
http://www.nature.com/nprot/journal/v6/n7/full/nprot.2011.356.html

小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、 （株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシー ドの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした（株式会社セルシード（E24158）の有価証券報告書（S0008294）に よると東京女子医大の岡野光夫教授は2010年12月31日の時点で、当社株式138,000株と新株予約権1,010個を所有している）。このように、 金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。
　詳細は、利益相反事項の未記載問題を参照してください。


この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
https://pubpeer.com/publications/21720318



早稲田大学大学院 先進理工学研究科 博士論文概要
論 文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）

小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル（剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第３章など検証・批評用）⇒　表紙、目次、Background、References、第３章、Figures、Acknowledgements、Curriculum Vitae


博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、 常田聡　早稲田大学教授 　 武岡真司　早稲田大学教授 　 大和雅之　東京女子医科大学教授 　 Charles A. Vacanti　（チャールズ・A・ヴァカンティ）　ハーバード大学教授 の４人です。
 
問題1 （博士論文）：
 
 
小保方晴子氏の博士論文：
"Background"のPdfファイル（表紙、目次含む） "Background"の文章のほとんどが ＮＩＨの下記サイト（Stem Cell Basics）からの剽窃（盗用）です。
 
 
difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》による比較：
青くハイライトされていない部分が剽窃箇所。
 
 
 
最後のイントロ1.5節は自力で書いたように見える（青くハイライトされている）が、これも剽窃（盗用）です。1.5節の第2段落の上記NIHサイトからの剽窃で（文書の順番が変わっているだけ）、1.5節の第2段落は下記文献からの剽窃です。
 

 
さらに、Figure 1も、NIHサイト（Appendix A: Early Development）の
Figure A5の図(© 2001 Terese Winslow, Caitlin Duckwall)から剽窃（盗用）されたものです。
 
下記の小保方氏の博士論文のFigure 1　を　NIHサイトの元画像と比較してください。
↓
 
↓　小保方晴子氏の博士論文のFig2は、幹細胞研究会のホームページに掲載の図を切り貼りして作製したものです。（写し）
 
肝細胞研究会のホームページには、「Copyright (C) 2007-2009 The Japanese Society for the Research of Hepatic Cells. All Rights Reserved.」の記載があります。
 
 
問題2 （博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文の第２，３，４，５章の各章にはReferencesの 項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なので す。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃（盗用）であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。

PDFファイル（博士論文の第２，３，４，５章の各章のReferences）
↓　
（第３章のReferencesは、コピペ操作によりページ範囲が文字化けし、盗用元と同じくABC順になってしまっている）



剽窃（盗用）元の論文
↓ 
「2章」 
1 ～ 23 は 
っぽい? (要検証) 
24 ～ は 

「3章」 

「4章」 
1 ～ 49 は 
50 ～ 52 は 

「5章」 
 
 
問題3 （博士論文）：
小保方博士論文の Figure 10(p53)のEctoderm (Hepatocyte)の実験画像は、 
コスモ・バイオ株式会社のホームページに掲載の画像から盗用されたものです。

















さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
ZenBioのホームページに掲載されている画像（Human skeletal myocytes in culture）から盗用されたものです。（写し）
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
論文本文中やレジェンド（小保方博士論文 pp.49-50, p.53）では、
 
3.3Results 3.3.1 Differentiation potential of cells in vitro When representative bone marrow derived spheres were dissociated into single cells and exposed to three different differentiation media, the cells differentiated to express specific genes of the three lineages, Map2 (ectoderm), MyoD (mesoderm) and alpha-fetoprotein (AFP, endoderm) (Fig. 10). 
Figure 10 in vitro differentiation of bone marrow spheres After 6 weeks of culture, cells change their figurations into those of cells representative of three germ layers. 
 
 
と記載されており、 Figure 10の画像は、小保方氏自身が実験を行って得られた実験画像であるとしています。よって、これは、実験画像の盗用だけでなく、実験データの捏造の研究不正にもあたります。
 
 
調査中
Fig.10のEctodermのNeuronの画像の出所を調査中です。
 
 





問題4 （博士論文）：
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。（写し）
 
問題5 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文概要の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が、上がっています（下記参照）。

小保方晴子氏の博士論文概要の 学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。
特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、 出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、 同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許（PCT）は 費用がかかるので、 まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、 追加修正を確認した上で、本命のＰＣＴを出願する。 ＳＴＡＰの特許出願はその手順に従っている。 博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。

国際特許の検索 
英語 
日本語 
 
 
同様に、 小保方晴子氏の博士論文のCurriculum Vitae（履歴書）の項目にも、存在が確認できない特許 (Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells) が記載されています。 

 


問題6　（博士論文）：
小 保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さら に批判を招いています。 旧　博士論文審査報告書→
新（訂正後）　博士論文審査報告書→ （写し）
 

 
問題7（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.8とFig.16の電気泳動画像に、上下反転などの不適切な改竄が認められ、さらに、不適切な流用が多岐にわたることから、不注意ミスではなく故意による捏造が疑われています。
 
 
 
↓　Fig.8（博士論文）
 
 
 
↓　Fig.16（博士論文）
 
 
 
なお、この博士論文のFig.8やFig.16は、それぞれ、下記のTissue Eng Part A誌の論文（疑惑論文３）のFig.2とFig.3として、使用されています。
 
このTissue Eng Part Aの論文は、小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書にも記載されています。
 
 
疑惑論文３：　Tissue Eng Part A　
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）
論文タイトル：　 "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Koji Kojima　（小島宏司）, Karen Westerman, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Teruo Okano　（岡野光夫）, Satoshi Tsuneda　（常田聡）, Charles A Vacant　（チャールズ・バカンティ）, Tissue Eng Part A, 17 (2011)
http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/ten.TEA.2010.0385?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed&
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20883115
 
Tissue Eng論文（学位業績）は、類似画像の多さからみて、うっかりミスによる貼り間違えなどという弁明は厳しいでしょう。これほどの多数の類似画像は、データ流用の故意性もしくは著者らのデータ管理の杜撰さ、研究内容の信頼性の低さを示唆しています。
東大医の小室氏（元千葉大医）らのように生データを紛失したとして真相をうやむやにし、プロトコルまで変えて再実験し、大量訂正するという逃れ方もできますが、いずにしろ、データ管理が不十分であると、誰も信用しなくなるでしょう。

なお、小保方晴子氏の学位取得に重要であった"Tissue Eng Part A"の論文のデータ流用疑惑については、この研究に科学研究費が使用されているようなので、文部科学省（日本学術振興会）や早稲田大学へ、制度に度づいて、調査を要求することができます。
　→　
（再生医療本格化の為の上皮細胞を中心とした新規組織工学技術の開発 Research Project Number:08J05089）
 
類似画像４： 
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.2のFgf5のバンド画像と、Fig.3のNat1のバンド画像が類似しており、データの流用が疑われます。
 
 
類似画像５： 
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.3のKlf4の バンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4 のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 


 
 

類似画像６：　Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
 
 
 
 
 
 
 



問題8（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。

↓　博士論文のFig.6




↓　Tissue Eng Part A誌論文のFig.1


 

問題9（博士論文）：

博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。

さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます


↓　博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像






















↓　博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像


↓　小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6





問題10（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig17のspinal由来、muscle由来、lung由来の３画像が、それぞれ、T&E誌論文のFig5では、myo由来(C)、pneumo由来(B)、spinal由来(A)　として間違って使用されている

（博論:spinal→TE:myo, 博論:muscke→TE:pneumo, 博論:lung→TE:spinal)


↓　博士論文のFig.17
















↓　小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.5

 
↓　小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.5のレジェンド
FIG. 5. Differentiation assay of spheres derived from different adult tissue types into cells representative of the three germ layers. Differentiation assay from spinal spheres (A) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4- expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from pneumospheres (B) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulinexpressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albuminexpressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from myospheres (C) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi) cells, and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desminexpressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Nuclei were stained with 40,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bars: 50mm.

問題11（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像に流用されています。
 

問題12（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。


 
 
 
 
 
 
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道に よると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用 はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異 常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせず に、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰な データ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
 
 
調査中
 
Fig.3


本文中におけるFig.3に関する文章：
 
2. ISOLATION OF SMALL　CELLS
 
2.1 Introduction
 
2.1.1 Stem cells and small cells
Generally speaking, stem cells are small. The ratio of cytoplasm and nuclear is one
of remarkable indexes of stem cells. However, the isolation method of only small
cells is yet established.
 
2.1.2 Stem cells and sphere formation
Sphere formation is recognized as one of the results of stem cell property since stem
cell is recognized that they have strong proliferative potential and self-renewal
potency. Recently, many reports demonstrated that various adult tissues
contained sphere forming cells. Cells derived from many adult tissues, including
retina, brain, cornea, olfactory neuroepithelium, pancreas, skin, muscle and bone
marrow have been propagated as non-adherent clusters or spheres, as have
embryonic stem cells. Cells contained within the spheres described in those reports,
exhibit neural lineage markers and appear to possess varying degrees of stem cell
potency. We believe that adult stem cells described in various reports represent the
same adult stem cells at different stages of development, expressing different
degrees of potency. Sphere forming cells are much more immature than previously
expected. We hypothesized that adult stem cells procured from any tissue,
endoderm, mesoderm or ectoderm, could demonstrate a wide multipotency and
cross germ layers when maintained in appropriate environments.
Therefore, we first investigated how to isolate small cells. And then we examined if
they had sphere forming potency in the serum-free condition.
 
2.2 Experimental
 
2.2.1 Isolation of small cells
Bone marrow, lung, muscle and spinal cord tissues were procured from 3- to
4-week-old C57BL/6J mice as described below. Bone marrow was acquired by
flushing femur and tibia with culture media using an insulin syringe. Cells
were plated at 1x10^ cells/cm" in F12/DMEM (1:1, v/v) supplemented with 2% B27,
20ng/ml bFGF and lOng/ml EGF
To isolate small cells from murin bone marrow, the following three types of methods
were examined.
A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less
than 8 micro meters in diameter cells were isolated.
B. Optimistic pressure
Bone marrow cells were exposed to low optimistic pressure
liquid to destroy mature cells.
C. Trituration using thin-glass pipette
Standard glass pipettes were burned and stretched out to
make thin tips. Mature cells were passed through thin glass
pipettes many times and destroyed by mechanical stress.
Obtained small cells were cultured in serum free medium, and appeared spheres
were counted as a number of stem cells.
2.2.2 Characterization of small cells
Immunohistochemistry. Protein expression was assessed using
immunohistochemical techniques as described below. Each slide was incubated with
anti-c-kit rat monoclonal antibody, anti-Sca-1 rat monoclonal antibody or
anti-E-cadherin rat monoclonal antibody. After washing with PBS, the cells were
incubated with goat anti-rat IgG Texas Red-conjugated antibodies and goat anti-rat
IgG Fluorescein-conjugated antibodies. SSEA-1 and Alkaline phosphatase (AP)
staining was performed using the ES cell detection Kit
Single sphere RT-PCR. Single spheres were individually collected under the
microscope. Total RNA was extracted from each single sphere, and then subjected to
oligo-dT-primed reverse transcription (RT). RT-PCR was performed using TaqDNA
polymerase on an iCycler for 35 cycles.
 
2.3 Results
2.3.1 Sphere forming from isolated cells
Trituration and optimistic pressure produced spheres. Whereas, cell sorter did not
produced any spheres. Trituration produced most number of spheres. Therefore, we
utilized trituration as the isolation method of small cells.
2.3.2 Effect of trituration
After the trituration, the population of small cells was increased comparing to
native bone marrow cells (Fig. 3A and B). However not all of cells over 8 micro
meters in diameter disappeared. Triturated cells formed spheres during culture.
Interestingly, spheres were consisted of only small cells (Fig. 3C). Thus, it was
demonstrated that trituration enabled to culture and grow only small cells.
 
調査中
 
Fig.12

↓　Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。
 




















Figure 12 Mesenchymal lineage differentiation.
Dissociated spheres were plated into serum-containing medium and cultured for
14*21 days. Plated cells differentiated into mesenchymal lineage cells even plated
cells were from spheres derived from endoderm or ectoderm tissues.
Marrow spheres differentiated into condrocytes (A), adipocytes (B) and osteocytes
(C). Pnemospheres differentiated into condrocytes (D), adipocytes (E) and osteocytes
(F). Spinalspheres differentiated into condrocytes (G) and adipocytes (H).
 
 

利益相反問題１
　小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、 （株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシー ドの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした。このように、金銭的利益相反問題が存在するに も関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。 
　ノバルティスのディオバン臨床研究不正事件でも問題になりましたが、このような利益相反事項（論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株の保有など）は、論文投稿の際に開示するべきとされています。特にNature Publishing はこの点に厳しく、その規定（Nature journals' competing financial interests policy）で、投稿する際には、投稿論文に利益相反があるのか無いのか、明記することを義務付けています。
 
↓　Nature Protocolの論文より引用 
Competing financial interests The authors declare no competing financial interests.
 
以下の３項目は、Natureの規定で、"金銭的利益相反（Competing financial interests）"として定義された具体的項目です。
1) Funding: Research support (including salaries, equipment, supplies, reimbursement for attending symposia, and other expenses) by organizations that may gain or lose financially through this publication.
2) Employment: Recent (while engaged in the research project), present or anticipated employment by any organization that may gain or lose financially through this publication.
3) Personal financial interests: Stocks or shares in companies that may gain or lose financially through publication; consultation fees or other forms of remuneration from organizations that may gain or lose financially; patents or patent applications whose value may be affected by publication.
（日本語訳）
１）　研究資金：　論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある組織（団体）からの研究補助（給与、装置、備品、シンポジウム出席のための支援、その他の経費）
２）　雇用：　論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある企業によって、最近（研究プロジェクトに従事している間）、現在、あるいは将来的に雇用されること
３）　個人的な金銭的利益：　論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株、金銭的利益を得たり失ったりする可能性のあるコンサルタント費やその他の報酬、論文出版によってその価値が影響を受ける可能性のある特許、または特許申請。

 利益相反問題２
Tissue Eng Part A. 2011 Jun;17(11-12):1507-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0470. Epub 2011 Apr 12.

Development of osteogenic cell sheets for bone tissue engineering applications.

Pirraco RP1, Obokata H　（小保方晴子）, Iwata T, Marques AP, Tsuneda S, Yamato M　（大和雅之）, Reis RL, Okano T　（岡野光夫）.
  • 1Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women's Medical University, Tokyo, Japan.

東京女子医大の岡野光夫教授が責任著者の上記のTISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）はセルシード社の関連の深い細胞シートに関する研究の報告をしています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具 体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。

なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells（骨髄間質細胞）の項でも、このTissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）の論文は紹介されています。
 

利益相反問題３

　小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム＆ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：HTML、PDF）を出願しています。
　 問題１で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項（論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など）は、論文投稿の際に開示する義務があります。 
　しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文 （疑惑論文２） において、"金銭的利益相反（Competing financial interests）は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests（個人的な金銭的利益）”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の 金銭的利益（Personal financial interests）"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
 　
↓　Nature Articleの論文より引用 
Competing financial interests
The authors declare no competing financial interests.


 
疑惑論文１：　Nature Article　や特許における文章剽窃（盗用）疑惑　１件目


小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者（Jianli Guoら）が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。 さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）と同一の文章です。

Guo Jianliらの論文との比較
赤く太文字でハイライトされている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Koji Kojima　（小島宏司）, Martin P. Vacanti　（マーティン・バカンティ）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Charles A. Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）
Karyotype analysis
Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.

 

 

Guo Jらの論文：　Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells.

  • Materials and Methods 
  • Chromosome preparation
  • Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.
  • Multicolor FISH analysis (M-FISH)
    For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
なお、文章の拝借元における塩化カリウムを意味する"KCl"という正しい表記が、小保方論文では"KC1"という無意味な言葉になっています。さらに、小保方論文では、EDTA (EDTA)　と、ethylenediaminetetraacetic acidの略称であるEDTAを誤って連続して記載しています。なぜ、このような初歩的ミスが起こったかは不明ですが、自分で文章を作成せず、他者論文の文章を拝借したことが一因であるかもしれません。
 
上記の拝借された文章の中には、ライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliらドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか？そのようなことが果たして可能なのでしょうか？

このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトに は、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能で あり、また中古品も出回っていません。
(フォトメトリクスの パンフレットによると、このSensys CCD カメラ は専用PCIカードで画像を取り込むタイプで、 30～200万画素程度のものでカメラに放熱フィンが付いている非常に古いカメラです。)
 
 
小保方ら論文著者はKC1などのOCRの誤認識に基づく誤記をそのままにして剽窃していることから、ほとんど剽窃文章の中身を吟味していないことが推測され、実験機器名に関しても実際には使用していないにも関わらずそのまま剽窃して記載してしまった可能性があります。これらのことから、そもそも、このMaterials and Methodsに書かれているKaryotype analysis（核型分析）の実験は、論文の記述通りには行われていなかった可能性が推測されます。これらの疑惑を晴らすためには、小保方研究室、笹井研究室、若山研究室、ヴァカンティ研究室、あるいは理研などの彼らが所属する研究施設の共有実験機器のいずれかに上記の実験機器が存在し、これらの機器を使用して実際に実験を行ったことを生データにより示すしかありません。あるいは、論文内には外注したとは記載されていませんが、もし、この実験が外注により外部機関により行われていたとしたら、その外部機関から送られてきた報告書を確認する必要があるでしょう。

なお、Guo Jianli氏 らの原論文では「DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, B ensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). 」 と書いてあったのを、小保方氏らの論文ではわざわざメーカーの所在地や国名を削除して書き換えています。 もし、実際はもっと新しい機種や他のメーカーの機種を使っていたのなら、わざわざ実際使ったのとは違う機種の名前を残しつつ国名だけ消すのではなく、実際に使用している機種に合わせて記述を直すはずです。（執筆者ではなくてコピーエディターが書き換えた可能性も否定できませんが）。

小保方氏らの特許：　さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許（原文ＰＤＦ）中の下記文章の一部においても拝借されています。特許においても、KC1という誤記が見られます。さらに、Guo論文における"imaging"が、特許においては"hanging"という文脈上間違った単語に変換されています。
[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hanging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
 
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）との比較
青く太文字でハイライトされている部分が同一　
 
小保方氏らのNature Article論文：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Koji Kojima　（小島宏司）, Martin P. Vacanti　（マーティン・バカンティ）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Charles A. Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）
Karyotype analysisKaryotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.

 

 

Jonathan Landryの博士論文（Dissertation by Jonathan Landry）：

(submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences)

The genomic and transcriptomic landscape of HeLa cells.

  • Presented by Jonathan Landry born in Lyon, France Oral examination: 06/12/2012
  • 3.4.4 Multicolor fluorescent in situ hybridization (M-FISH)
  • Metaphase spreads of HeLa cells were performed as follows. Subconfluent HeLa cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For M-FISH analysis, chromosome–specific painting probes were labeled using DOP-PCR amplified DNA using 7 different fluorochromes in a combinatorial manner and hybridized as previously described [130]. Twelve metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica MCK-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyotypes.


さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、３つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を 引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発した Jentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高い と思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。

Cytogenet Genome Res. 2003;103(1-2):84-8.

Seven-fluorochrome mouse M-FISH for high-resolution analysis of interchromosomalrearrangements.

Jentsch I1, Geigl J, Klein CA, Speicher MR.
Institut für Humangenetik, Technische Universität München, München, Germany.

（以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用）
Materials and methods
 Preparation of mouse painting probes and of fluorochrome DNA pools The generation of mouse chromosome-specific painting probes (Rabbitts et al., 1995) and their amplification by “primary” and “secondary DOPPCR” was described previously (Jentsch et al., 2001). Similar to our human 7-Fluor M-FISH approach (Azofeifa et al., 2000) we generated a DNA pool for each fluorochrome according to the labeling scheme shown in Fig. 2. For example, the DEAC-pool consisted of painting probes for chromosomes 3, 5, 10, 11, 14, and Y; the FITC pool of chromosomes 3, 8, 13, 15, 19, and X, and so on. Each painting probe was carefully calibrated to have the same fluorescent intensity after FISH according to our previously described protocols (Eils et al., 1998). After PCR labeling, the length of the DNA was adjusted by DNase I digestion to a size of 300– 700 bp.
Preparation of the mouse M-FISH hybridization mix The hybridization mix was prepared by overnight ethanol precipitation of 6 Ìl of the DEAC-, 7 Ìl of the FITC-, 6 Ìl of the Cy3-, 2.5 Ìl of the Texas Red- (= Cy3.5), 6 Ìl of the Cy5-, 2.5 Ìl of the biotin- (= Cy5.5) and 3 Ìl of the digoxigenin- (= Cy7) labeled PCR product, together with 60 Ìl of mouse Cot-1 DNA and 20 Ìg salmon sperm DNA. After centrifugation at 13,000 rpm for 30 min at 4 ° C followed by a washing step with 70 % ethanol, the pellet was resuspended in the hybridization mix, consisting of 50 % formamide, 20% dextran sulfate, and 2× SSC.
Induction of chromosomal aberrations and preparation of mouse chromosomes The mouse chromosome preparations from mouse cell lines AG12 TUBO and TSA were done as described previously (Weaver et al., 1999) with some modifications. In brief, the spleen was isolated from mouse and transported in a tissue culture flask with RPMI/FBS. After homogenization with RPMI, the cells were incubated in a culture flask with RPMI, FBS, concanavalin A, LPS, ß-mercaptoethanol. After 48 h incubation, the cells were treated with colcemid and 0.075 M KCl and fixed in methanol/acetic acid.
 Hybridization, post-hybridization washes and detection of indirectly labeled probes The probe mixture was denatured for 7 min at 78 ° C and then preannealed for about 20 min at 37 ° C. The slides were denatured in 70 % formamide, 2× SSC for about 2.5 min at 72 ° C. After passage through an ethanol series on ice, the slides were air-dried and the hybridization mixture was added to the slide. The hybridization field was sealed with a cover slip and rubber cement, and the slides were incubated for two nights at 37 ° C.
 Following hybridization, the slides were washed in 4× SSC/Tween three times 5 min each at 42 ° C to remove the cover slip and then three times (5 min each) with 1× SSC at 60 ° C. The slides were blocked in 3% BSA in 4× SSC/Tween and incubated for 30 min at 37 ° C. After blocking, avidin Cy5.5 (1:100 in 4% SSC/Tween plus 1% BSA) and anti-digoxigenin-Cy7 (1:50 in 4× SSC/Tween plus 1% BSA) were added to the slides and incubated for at least 45 min in a moist chamber at 37 ° C. The slides were then washed three times (5 min each) in 4× SSC/Tween at 45 ° C, counterstained with DAPI (4),6-diamidino-2-phenylindole) and mounted in p-phenylenediamine dihydrochloride antifade solution.
 Epifluorescence microscopy Slides were visualized using a Leica DMRXA-RF8 epifluorescence microscope equipped with special filter blocks (Chroma Technology, Brattleboro, VT) as described (Eils et al., 1998). For image acquisition, a Sensys CCD camera (Photometrics) with a Kodak KAF 1400 chip was used. Both the camera and microscope were controlled with Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK). Images were analyzed using the Leica MCK-Software package (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK/Eils et al., 1998).
 
 

 

 疑惑論文１：　Nature Article　における文章剽窃（盗用）疑惑　２件目

 小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article）において、 ”新たな” 文章剽窃（盗用）が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。
Robert Blellochらの論文との比較
赤く太文字で強調されている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Koji Kojima　（小島宏司）, Martin P. Vacanti　（マーティン・バカンティ）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Charles A. Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）

Bisulphite sequencing
GFP-positive cells in STAP clusters were collected by FACS Aria. Genomic DNA was extracted from STAP cells and analysed. Bisulphite treatment of DNA was performed using the CpGenome DNA modification kit (Chemicon, http://www.chemicon.com), following the manufacturer’s instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested PCR using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, 5′-GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT-3′; F2, 5′-ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA-3′; R, 5′-CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC-3′). And Nanog (F1, 5′-GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT-3′; F2, 5′-AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT-3′; R, 5′-CCCACACTCATATCAATATAATAAC-3′). PCR was done using TaKaKa Ex Taq Hot Start Version (RR030A). DNA sequencing was performed using a M13 primer at the Genome Resource and Analysis Unit, RIKEN CDB.
 

Robert Blellochらの論文：　Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.

Northern and Bisulfite Sequencing
 
For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.
 
以下、参考コメントです。
 



匿名2014年2月28日 14:52

もう２か所の剽窃は問題になさらないのです？

Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876

Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
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11jigen2014年2月28日 15:19

Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com)　とメーカーのＵＲＬまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはＵＲＬを付加してない ので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876 　の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。な ぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。

さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa"　となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもＯＣＲで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。


http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry　では、
7-AAD　が　Propidium iodide　に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis　は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。





匿名2014年3月4日 3:36

文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。

2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf

現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820

2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか？
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか？
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか？

Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。
理研の野依良治理事長からの戒めの言葉
 
なお、小保方晴子氏らが所属する理化学研究所の野依良治理事長はAdv. Synth. Catal.誌において、以下のように、研究・出版倫理と不正行為について論説しています。
 
研究・出版における不正行為に は、明白なデータねつ造だけでなく、 別の実験で得たスペクトルデータを偽って載せる、反応収率を過大に 表現するなど細かいものもあります。また、論文の剽窃(plagiarism) にもさまざまな形態があり、参考にした文献を故意に引用しない、 他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表 するなども含まれます。特に後者は、論文のintroductionで化合物や 反応の重要性を述べるなど誰が書いても似たような内容になるときに 起こりやすく、また英語を母国語としない研究者が他の著者のうまい 表現を借りたくなる気持ちは分かるが、あくまで許されることではないと 指摘します。
 
 
 
 
小保方氏が発表したSTAP細胞の作製には、Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授とその弟子(student)が、小保方氏指導のもとでの理研の実験では再現に成功していますが、若山教授が山梨大学のラボに移った後では未だ再現に成功していないことが判明しています（Nature誌記事より）

カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog)　では、まだ再現に成功したという報告はありません。
小 保方晴子の論文では「生後7日新生児マウス」由来の細胞によってSTAP細胞を確立されていますが、現時点で上記サイトに報告されている追試では新生児マ ウスの細胞を用いているのはありません(生物種未記載にはある) 。よって、現時点で再現性がないと断定することはできません。

現在の追試報告例（１０例）：未だ、再現成功例無し。
Ethan: 失敗、細胞腫への言及なし 
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用 
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞 
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血 
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞 
Hong: 失敗、マウスES細胞 
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞 
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞 
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞 
Ray and Sandy:　 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
 
小保方さんの“新”発見は、特殊 な細胞ではなく、ごく普通の「リンパ球」でこうした働きを見つけたことだ。だが、「論文からはその根拠がハッキリしない」と言うのは、理化学研究所やワシ ントン大で免疫学を研究したことのある明石市立市民病院研修担当部長の金川修身氏である。「細胞がリンパ球に分化すると『遺伝子再構成』という現象が起き る。ということは初期化（別の細胞に変化）した『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスのリンパ球にも『遺伝子再構成』が必ず見られるはずです。しかし、論文では そこが分かりません。さらに（第三者も同様の研究結果を得る）『再現性』の報告も今のところ見当たらず、失敗報告ばかりです。断定的なことは言えません が、もう一度（実証実験の）やり直しという可能性もあるでしょう」　（日刊ゲンダイの記事より）
 
慶應大学の吉村昭彦教授も、研究室ホームページ上の記事（TCR組み換えデータの重要性） にて、「私の関心はSTAP細胞が論文に書いてあるように『未分化細胞からのinductionであってもとからある幹細胞のselectionではな い』という結論が妥当かどうかという点。繰り返しになるが、それをTCR-rearrangementで決着つけようとするならば、T細胞からできた STAP細胞、STAP幹細胞、それにキメラマウス（4Nから作ったものが望ましい）のgenomic DNAのTCR rearrangementを調べる必要がある。」と指摘している。
 
 
 
小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文（疑惑論文１）には、RNAseqとChiPseqの実験データに関してNCBI BioSample databases用のアクセスＩＤを下記のように記載していたが、実際は、SRAやGEOなどのデータベースには登録されていなかったことが判明し、問題となっている(2014年2月12日）。

↓　論文中における記述
"RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435."

ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
ネイチャーに問い合わせをした人物によると、ネイチャーは既にこの問題に気づいており、著者（小保方ら）に連絡を入れたらしいが、著者から返答があったかどうかについてはわかっていない。
追記(2014年2月21日）：米国時間で2014年2月19-20日頃にデータがようやく追加されたようです。


　脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が２件（流用画像１、流用画像２）発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。少なくとも２度にわたる不適切な実験画像流用が行われており、これらが意図的な不正であろうがそうでなかろうが彼らの研究は杜撰であると言え、到底、猿でのSTAP細胞治療の話も信憑性は低いでしょう。
 
 
 
流用画像１ （小島宏司）
下記のチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏のJ Thorac Cardiovasc Surg. 誌の論文のFig.6のNATIVEのSafranin-Oの顕微鏡画像と、同氏のFASEB J.誌の論文のFig.5のTETのSafranin-Oの画像が類似しており、同一個体由来の実験画像と推測されます。
 
　つまり、二つの実験画像は論文中の説明によると異なる実験条件で異なる時期に異なる個体から得られたもののはずですが、互いに類似しており実際は同一個体由来の画像であることから、２つの論文をまたがって不適切な実験画像流用が行われたと考えられます。
 
小島疑惑論文１
J Thorac Cardiovasc Surg. 2002 Jun;123(6):1177-84.

Autologous tissue-engineered trachea with sheep nasal chondrocytes.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Vacanti CA, Cortiella J.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, 01603-3122, USA.
http://www.jtcvsonline.org/article/S0022-5223(02)00021-1/abstract
 
 
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.

A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
http://www.fasebj.org/content/17/8/823.long
 
 
 
 
 
 
 
 
 



















流用画像２ （小島宏司）
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.

A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
http://www.fasebj.org/content/17/8/823.long
小島疑惑論文３
Anat Rec (Hoboken). 2014 Jan;297(1):44-50. doi: 10.1002/ar.22799. Epub 2013 Dec 2.
Tissue engineering in the trachea.
Kojima K1, Vacanti CA. 1CLaboratory for Tissue Engineering and Regenerative Medicine 
1Department of Anesthesiology, Harvard Medical School, Brigham and Women's Hospital, 75 Francis St., Thorn 703, Boston, Massachusetts, 02115. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ar.22799/full

FASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 

FASEB 誌のFig.5の画像(H&E染色）のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色）のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験 条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。
 
 































小島　宏司　　（こじま・こうじ）　　 

1990年　　　聖マリアンナ医科大学医学部　卒業(14回生) 

1997年　　　聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科　医長。 
1999年　　　バイオ気管の研究をめざし、渡米。 
　　　　　　 マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。 
2002年5月 羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。 
2004年　　　ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。 

http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg 

http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html （写し）
 

小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。
（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：　HTML、PDF）
（公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”）
 


 
・　チャールズ・バカンティ教授(Charles Alfred Vacanti)は、ハーバード大学の教授で、ハーバード大学付属病院(THe Brigham and Women's Hospital)の麻酔科に所属している。バカンティ教授は、 疑惑論文３： Tissue Eng Part A が掲載された雑誌の、Founding editor でもある。
参考→　Tissue Eng Part A誌のEditorial Boardのページ：　http:/が/www.liebertpub.com/editorialboard/tissue-engineering-parts-a-b-and-c/595/
このように、当雑誌が彼の影響下にあるゆえ、チャールズ・バカンティ教授は、この問題のある小保方晴子の論文を撤回せず、データ流用が疑われている実験画像をミスによるものとし、強引に問題画像の削除だけで済まそうしているのかもしれない。
 


 
 

●　生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ：STAP細胞の顛末のこれから（柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。）

●　STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士）が表明しているSTAP細胞への５つの疑問点(更新 2014年2月6日)：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
（更新 2014年2月18日）STAP細胞への１０の疑問点：Top 10 Oddest Things About The Unfolding STAP Stem Cell Story
Nature ArticleのFig.1に関する疑問点：Are STAP Stem Cell Nature Papers Compromised?
論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker


●　一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）
●　STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント
広島大学名誉教授の難波紘二氏のメルマガ記事を紹介しているブログ「ある宇和島市議会議員のトレーニング」における STAP 細胞に関するエントリー
小保方事件の経緯
2014年1月29日　STAP論文が発表される。
2014年1月30日　ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間）　　Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日　ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日　古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間）　　STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日　Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日　山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日　小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日　RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日　Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日　小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日　理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日　慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日　明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間）　Natureが調査を開始する。
2014年2月17日　Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日　小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日　米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日　小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間）　　RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月21日　WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日　利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日　大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日　小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日　Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日　Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日　Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日　脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一件目）
2014年2月27日　Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日　TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日　日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日　小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二件目）
2014年3月4日　Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日　不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日　理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日　マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される。
2014年3月8日　小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（三件目）
2014年3月9日　Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子氏の博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日　山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日　小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃（盗用）であることが発覚する。
2014年3月12日　小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
 
小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道
不正疑惑に関する報道
2014年2月15日 MAINICHI: Research institute probes 'irregularities' in images associated with STAP cell discovery
2014年2月15日 毎日新聞：SＴＡＰ細胞:「不自然な画像」指摘受け理研が論文を調査
 
2014年2月17日 The San Diego Union-Tribune：Acid test for STAP cells
2014年2月17日 BioEdge：New STAP stem cells questioned
2014年2月17日 スポニチ：ＳＴＡＰ細胞の「データ不自然」 外部指摘で理研調査
2014年2月17日 ScienceInsider：High Profile Stem Cell Papers Under Fire
2014年2月17日 The Japan times：Institute opens probe into STAP cell article data
2014年2月18日 中華系の報道1、報道2、報道3、
2014年2月18日 スポーツニッポン：英科学誌ネイチャーもＳＴＡＰ調査 論文の画像に不自然な点？
2014年2月18日 産経新聞：ネイチャーもＳＴＡＰ細胞の論文調査 「画像に不自然な点」と指摘受け
2014年2月18日 TBS：ＳＴＡＰ細胞論文に不自然な画像、ネイチャーが調査開始
2014年2月18日 テレビ朝日：「STAP細胞論文で画像に不自然な点」理研が調査開始
2014年2月18日 朝日新聞：ＳＴＡＰ論文の画像は「単純ミス」 共著者の山梨大教授
2014年2月18日 日本経済新聞：「ＳＴＡＰ」論文、英科学誌も調査 画像に不自然な点指摘
2014年2月18日 iO9: Stem cell papers in question: the self-correcting process of science
2014年2月18日 AFP：'Game Changing' Japan Stem-Cell Study Questioned
2014年2月18日 NHK：ＳＴＡＰ論文に不自然な写真 ネイチャー調査
2014年2月18日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:「画像」をネイチャーが調査
2014年2月18日 朝日新聞：ＳＴＡＰ論文、ネイチャーも調査 「不自然な画像」問題
2014年2月18日 スポニチ：英科学誌ネイチャーもＳＴＡＰ調査 論文の画像に不自然な点？
2014年2月19日 朝日新聞：共著者「単純なミス」／理研「成果変わらぬ」 ＳＴＡＰ論文に「不自然」と指摘
2014年2月19日 Popular Science：Simple New Way Of Creating Stem Cells Undergoes Investigation
2014年2月19日 The Asahi Shinbun：Co-authors admit 'mistakes' in images published by STAP cell scientist
2014年2月19日 The Wall street Journal：幹細胞研究成果の再現、科学者らが苦闘
2014年2月19日 The Wall street Journal：Scientists Struggle to Replicate Stem-Cell Research Breakthrough
2014年2月19日 The Boston Globe：Researchers scrutinize findings on stem cells Questions raised after reports on new process
2014年2月19日 中華系の報道4、報道5、
2014年2月19日 NewSphere：STAP細胞、画像使い回し疑惑に世界も注目 海外はどう報じたか？
2014年2月19日 J-CASTニュース：STAP論文共著者「単純ミスがあった」 疑問点に釈明
2014年2月19日 France5（フランス）：Peut-on vraiment produire des cellules souches avec de l'acide ?
2014年2月20日 DIE WELT（ドイツ）：Neuer Skandal in der Stammzellforschung?
2014年2月20日 J-CASTテレビウォッチ：小保方晴子「万能細胞」に捏造疑惑!?画像使い回し…「研究の基本は間違いありません」
2014年2月20日 日刊ゲンダイ：“画像疑惑”で英科学誌、早大が調査も…沈黙続く小保方さん

2014年2月20日 週刊文春 2014年2月27日号(2014年2月20日発売)　安倍総理面会もドタキャン STAP細胞 小保方晴子を襲った捏造疑惑（内容の一部）
2014年2月20日 日経バイオテクONLINE Vol.2012：Wmの憂鬱、Nature誌にも責任があるSTAP細胞騒動、解決には第三者の追試不可欠
2014年2月21日 The Wall Street Journal: Japanese Scientists to Offer More Details on Stem-Cell Work　（STAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると理研CDB広報が発表）
2014年2月21日 MAINICH：Paper on STAP cells contains minor errors, co-author says
2014年2月21日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:米教授、画像の酷似は「ささいな誤り」
2014年2月21日 DIE WELT（ドイツ）：Viel zu schön, um wahr zu sein?
2014年2月22日 産経新聞：ＳＴＡＰ細胞の疑念、「ささいな誤り」「内容に影響ない」共著者の米教授
2014年2月22日 日刊サイゾー：第2の佐村河内事件？ “リケジョ”小保方晴子「世紀の大発見」をめぐる利権争いが勃発 （続き）
2014年2月22日 朝日新聞：「ささいなミス」と声明 ＳＴＡＰ細胞論文で米大学教授
2014年2月23日 UT San Diego：STAP stem cell doubts keep proliferating 
2014年2月24日 FierceBiotechResearch：Scientist: Let's not discredit acid-bath stem cell studies--yet
2014年2月24日 週刊現代 3月8日号 p56：関係者たちが固唾を呑む「STAP細胞」捏造報道 小保方晴子さんにかけられた「疑惑」
2014年2月24日 週刊ポスト 3月7日号 p53：小保方晴子さんの「STAP細胞論文捏造疑惑」 アンチ勢力の陰　第1部分、第2部分。マイナビニュース（転載）
2014年2月24日 AERA 3月3日号 p81：画像誤用疑惑、調査中－バイオ論文で続出、小保方さんも？
2014年2月25日 産経新聞：ＳＴＡＰ論文、修正へ 共著者の教授「単純ミス」
2014年2月26日 WEBRONZA：ＳＴＡＰ細胞は世紀の大発見なのか？　（全文）
2014年2月26日 日刊ゲンダイ： ＳＴＡＰ論文 いよいよ掲載の科学誌ネイチャーが「深刻視」
2014年2月27日 週刊新潮3月6日号：「小保方博士」が着せられた「灰色割烹着」－ＳＴＡＰ細胞は幻か？ ◆ 理化学研究所・小保方晴子、ＳＴＡＰ細胞、ネイチャー誌
2014年2月27日 WEBRONZA：続・STAP細胞が映し出すもの――「科学」と「社会」の関係 八代嘉美
2014年2月28日 共同通信：ＳＴＡＰ、別論文の記述と酷似 理研も調査中か、毎日新聞（転載）
2014年2月28日 産経新聞：別論文の記述と酷似 理研も調査か
2014年2月28日 日本経済新聞：別の論文と記述が酷似 ＳＴＡＰ細胞の論文
2014年2月28日 日刊ゲンダイ：独研究者からコピペ？小保方論文「あり得ない表記」で新疑惑　その1、その2、その3
2014年3月1日 日刊スポーツ：小保方さんら執筆ＳＴＡＰ論文無断引用か
2014年3月1日 共同通信：ＳＴＡＰ論文に相次ぐ疑問 うっかり？信頼性懸念も
2014年3月1日 選択：ＳＴＡＰ細胞「狂騒曲」の深層 理研の「悪意」とメディアの「バカ騒ぎ」
2014年3月2日 読売新聞：ＳＴＡＰ細胞論文に他論文と酷似箇所…実験手順
2014年3月2日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:発表１カ月再現失敗相次ぎ 理研手順公開へ　その1、その2
2014年3月2日 週刊現代：3月15日号 p44：小保方晴子さんに新たな「論文コピペ」疑惑－もはや絶体絶命！
2014年3月3日 AERA：3月10日号 p7ｅｙｅｓ／揺らぐＳＴＡＰ細胞発見、再現性が科学技術の本質
2014年3月3日 時事通信：野依理事長「できるだけ早く公表」＝STAP細胞の論文問題調査―理研
2014年3月3日 時事通信：ＳＴＡＰ問題、学会「憂慮」＝理研理事長「早く調査結果公表」
2014年3月3日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:論文問題、迅速な調査公表を 分子生物学会
2014年3月3日 読売新聞：ＳＴＡＰ論文、迅速な調査結果公表を…学会要求
2014年3月3日 日本分子生物学会：理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』
2014年3月3日 共同通信：理研は調査結果公表を ＳＴＡＰ論文、学会が声明
2014年3月4日 毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ論文問題で分子生物学会声明
2014年3月4日 Ｊ-CAST：「コピペ疑惑」、いまだ「再現実験成功せず」… 「STAP論文」に疑問噴出、分子生物学会も憂慮（その１、その２、その３）
2014年3月4日 日刊ゲンダイ：なぜポンコツ器具で…「ＳＴＡＰ細胞」ついに実験にも疑問の声（その１、その２）
2014年3月5日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞の作製手順を公表 理研、国内外の要望受け 
2014年3月5日 毎日新聞：作製手順公表は「簡単さ」の証明になる
2014年3月5日 日本経済新聞：理研、ＳＴＡＰ細胞の作製法公開 論文への批判受け
2014年3月5日　ITmediaニュース：理研、STAP細胞作成実験の詳細を公開 「実用的な実験ノウハウとその解説」 
2014年3月5日 TBS News：ＳＴＡＰ細胞の作成手順を公開、「再現に疑問」応え
2014年3月5日 NHKニュース：ＳＴＡＰ細胞 作製の詳細な手順公開
2014年3月5日 週刊文春 3月13日号 p136：はっきりカタをつけてよ／ＳＴＡＰ細胞－小保方絶体絶命で理研理事長直撃 ◆理化学研究所・小保方晴子、ＳＴＡＰ細胞、再生医療
2014年3月5日 THE WALL STREET JOURNAL：Japan Scientists Release Tips on Reproducing Stem-Cell Work
2014年3月5日 NATURE NEWS BLOG：Acid-bath stem-cell team releases tip sheet
2014年3月6日　共同通信、東京新聞（転載）：ＳＴＡＰ細胞の詳細な作製法公開 理研「外部でも再現を」 
2014年3月5日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:詳細な作製手順、公表へ…理化学研究所
2014年3月6日 産経新聞：ＳＴＡＰ細胞 小保方さん、再現実験に成功 論文発表後初めて
2014年3月6日 朝日新聞：（発見 ＳＴＡＰ細胞）再現性の判断、時期尚早 外部評価委のスミス委員長に聞く
2014年3月6日 The Boston Globe：Efforts to repeat controversial stem cell technique intensify
2014年3月6日 毎日新聞：Riken releases details of how to generate STAP cells
2014年3月7日 日刊ゲンダイ：ＳＴＡＰ細胞 作製手順公開で浮かんだ「新たな矛盾」　その1、その2、その3。
2014年3月9日  朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞論文「３つの疑問」 理研、調査結果公表へ
2014年3月10日 週刊現代 3月22日号 p65：小保方「ＳＴＡＰ細胞」。簡単にできるはずが複雑すぎる裏事情◆理化学研究所・小保方晴子、ＳＴＡＰ細胞、論文、再生医療
2014年3月10日 中日新聞：小保方さん、ＳＴＡＰ細胞 博士論文画像と酷似
2014年3月10日 時事通信：別研究の画像と酷似か＝ＳＴＡＰ論文に新たな指摘
2014年3月10日 産経新聞：ＳＴＡＰ細胞、博士論文の画像転用か 理研も把握
2014年3月10日 共同通信：ＳＴＡＰ細胞で新たな指摘 博士論文の画像流用か
2014年3月10日 NHKニュース：ＳＴＡＰ細胞 確信なくなった (動画　STAP細胞 存在に疑問)
2014年3月10日 サイエンスZERO NHK Eテレ：緊急SP！ STAP細胞の謎に迫れ　（2014年3月16日午後11時30分～午後12時）
2014年3月10日 ニュースウォッチ9：http://www.youtube.com/watch?v=MRm0V2uCRgw
2014年3月10日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:論文の取り下げ提案…「データ再検証必要」
2014年3月10日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:発表直後から疑問点…論文取り下げ提案
2014年3月10日 山梨大学HP上の若山照彦（STAP細胞論文共著者）の公式声明：STAP細胞の論文の問題について
2014年3月10日 共同通信：ＳＴＡＰ細胞論文撤回を呼び掛け 共著者、不自然との指摘で
2014年3月10日 ニッカンスポーツ：「非難されない論文を」若山教授一問一答
2014年3月10日 日本経済新聞：ＳＴＡＰ細胞、論文取り下げ提案 共同研究の山梨大教授
2014年3月10日 産経新聞：ＳＴＡＰ細胞、共著者が論文撤回呼び掛け 不自然との指摘相次ぎ
2014年3月10日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞「確信持てず」 共著の教授、撤回呼び掛け
2014年3月10日 読売新聞：ＳＴＡＰ論文撤回提案…共著教授「疑問点多い」
2014年3月10日 ウォールストリートジャーナル：STAP細胞、論文取り下げ求めていた＝共同研究者
2014年3月10日 ITmediaニュース：「STAP細胞の分析、第三者に依頼する」 共著者の若山教授「科学的真実知りたい」 大学サイトで声明
2014年3月10日 NATURE NEWS BLOG：Call for acid-bath stem-cell paper to be retraced
2014年3月10日 THE WALL STREET JOURNAL：Japanese Institute Weighs Retracting Stem-Cell Studies 
2014年3月10日 BBC News：Stem cells：Scientist asks for research to be withdrawn 
2014年3月10日 TECH TIMES：Co-author of revolutionary stem cell study calls for retraction
2014年3月10日 U～T San Diego：STAP cells paper coauthor asks for retraction
2014年3月10日 The Japan News ：Coauthor proposes STAP cell articles be withdrawn 
2014年3月10日 boston.com：Prominent Japanese scientist calls for controversial stem cell studies to be withdrawn 
2014年3月10日 REUTERS （globalpostが転載） ：Scientist urges withdrawal of his own 'breakthrough' stem cell research 
2014年3月10日 The New York Times:One Author of a Startling Stem Cell Study Calls for Its Retraction
2014年3月11日 NHKニュース：ＳＴＡＰ細胞論文 ハーバード大も調査
2014年3月11日 スポニチ （共同通信がオリジナル）：「撤回理由ない」と米教授 ＳＴＡＰ細胞論文、共著者
2014年3月11日 日本経済新聞：文科相「論文、出し直しを」 ＳＴＡＰ細胞論文
2014年3月11日 日本分子生物学会：理事長声明『STAP細胞論文等への対応についての再要望』
2014年3月11日 FNN：STAP細胞論文 ハーバード大教授「撤回メール受け取っていない」
2014年3月11日 産経新聞：ＳＴＡＰ細胞論文「撤回する理由ない」 共著者の米教授
2014年3月11日 理化学研究所：STAP細胞論文の調査について
2014年3月11日 NHKニュース：ＳＴＡＰ細胞論文 理研が取り下げ視野に検討
2014年3月11日 日本経済新聞：理研、ＳＴＡＰ細胞論文の取り下げ視野
2014年3月11日 日本経済新聞：理研、ＳＴＡＰ論文撤回へ協議 共同研究者と調整x
2014年3月11日 読売新聞：ＳＴＡＰ論文…ハーバード大医学部、独自調査へ
2014年3月11日 テレ朝news：STAP論文 理研が会見「取り下げを視野に検討」
2014年3月11日 毎日新聞：ＳＴＡＰ論文:理研、１４日に経過報告
2014年3月11日 NHKニュース：ＳＴＡＰ細胞 理研が写真流用の疑いで調査
2014年3月11日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:「申し訳ない」小保方さんが返信メール
2014年3月11日 時事通信：理研「論文撤回を協議」＝調査委、１４日経過報告－ＳＴＡＰ細胞問題
2014年3月11日 産経新聞：疑念続出のＳＴＡＰ細胞論文騒動 何が問題？
2014年3月11日 朝日新聞：ＳＴＡＰ論文、撤回視野に検討 理研が表明
2014年3月11日 時事通信：ＳＴＡＰ「簡単にできない」＝「誤解生み反省」理研広報室長
2014年3月11日 東京新聞：ＳＴＡＰ細胞 論文撤回を提案 共著教授「信用できない」
2014年3月11日 産経新聞：ＳＴＡＰ細胞論文 単純ミスはるかに超える 分子生物学会が声明
2014年3月11日 The Scientist: Call for STAP Retractions
2014年3月11日 THE WALL STREET JOURNAL：Japanese Institute Regroups After Studies Are Questioned
2014年3月11日 THE WALL STREET JOURNAL：Prestigious Japanese Research Institute Regroups
2014年3月11日 The Washington Post：Japan lab weighing retraction of stem cell paper
2014年3月11日 Bloomberg News：Two Stem-Cell Studies Face Retraction on Researcher Doubt
2014年3月11日 Kyodo News International：Japan gov't urges laboratory to probe STAP cell paper
2014年3月11日 THE ASAHI SHIMBUN：Riken considers withdrawal of breakthrough STAP cell reports
2014年3月11日 Agence France-Presse：Stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月11日 Boston Globe：Scientists split on own stem cell finding One asks withdrawal; 2d stands by work
2014年3月11日 AFP：Japanese stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月11日 Boston.com：Japanese scientist calls for stem cell studies to be withdrawn
2014年3月11日 NBC NEWS：Stem Cell Researcher Suggests Recalling His Own Study
2014年3月11日 朝日新聞：小保方さん博士論文、大量コピペか ２０ページ分が酷似
2014年3月11日 PHG Foundation：Acid-bath stem cell creation method: hoax or hiatus?
2014年3月11日 Yomiuri：Prof. wants STAP findings withdrawn
2014年3月11日 Yomiuri：Harvard set to investigate STAP cell publication
2014年3月11日 Yomiuri：RIKEN must unveil investigation results early
2014年3月11日 JDP：Japanese scientist withdraws own ‘breakthrough research’ on stem cell study
2014年3月11日 zeenews：Japanese scientist withdraws 'groundbreaking' stem cell research
2014年3月11日 The Nation：Japan stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月11日 Reuters：Japanese researcher backtracks on 'breakthrough' STAP cell research
2014年3月11日 読売新聞：理研、１４日にＳＴＡＰ論文問題の調査報告
2014年3月11日 エキサイトレビュー：小保方晴子「涙の電話」のその後。STAP細胞捏造疑惑の背景を考える（その１、その２、その３）
2014年3月12日 大分合同新聞：小保方氏の博士論文、米に同じ文
2014年3月12日 産経新聞：小保方氏の博士論文 ２０ページが米ＮＩＨサイトとほぼ同じ
2014年3月12日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:小保方さん博士論文 米文書と同一記述
2014年3月12日 日本経済新聞：ＳＴＡＰ細胞、論文撤回なら「研究成果 白紙に」
2014年3月12日 日本経済新聞：小保方氏の博士論文、米ＮＩＨサイトと同じ
2014年3月12日 The Peninsula：Japan stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月12日 Chicago Tribune：Riken considers retracting two stem-cell studies
2014年3月12日 Time：Stem Cell Researcher Calls for Retraction of His Own Work
2014年3月12日 Fox News：Japan lab says it may retract paper on new stem cell technique after doubts
2014年3月12日 io9：Co-author of stem-cell study 'loses faith' in paper
2014年3月12日 Chicago Tribune：Harvard set to investigate stemcell studies
2014年3月12日 RTE NEWS：The challenges of reporting on academic papers
2014年3月12日 SANSPO：【甘口辛口】疑惑のＳＴＡＰ論文、小保方さんは自ら経緯を説明し早くすっきりさせた方が
2014年3月12日 朝日新聞：ＳＴＡＰ論文、窮地 「単純ミス」では説明困難に
2014年3月12日 読売新聞：ＳＴＡＰ細胞論文、共著者の米教授が撤回に難色
2014年3月12日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:ハーバード大教授「疑念は成果に影響ない」
2014年3月12日 47 NEWS：【Ｑ＆Ａ ＳＴＡＰ論文問題】論文が撤回されるとどうなる？
2014年3月12日 東京新聞：ＳＴＡＰ細胞 論文撤回勧告も 理研５人で不正有無調査
2014年3月12日 朝日新聞：小保方さんの博士論文、参考文献リストもコピペか

不正疑惑浮上前の報道

2014年1月29日 独立行政法人理化学研究所：体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見－細胞外刺激による細胞ストレスが高効率に万能細胞を誘導－
2014年1月29日 独立行政法人理化学研究所：STAP細胞の研究成果に関するお問合せ・取材対応について理研、万能細胞を短期で作製 ｉＰＳ細胞より簡単に
2014年1月29日 日経：理研、万能細胞を短期で作製 ｉＰＳ細胞より簡単に
2014年1月29日 朝日新聞：新しい万能細胞作製に成功 ｉＰＳ細胞より簡易 理研
2014年1月29日 MSN産経： 酸の刺激だけで万能細胞作製 新型「ＳＴＡＰ」理研が成功
2014年1月29日 MSN産経： 山中伸弥教授「日本人研究者からの発信、誇り」
2014年1月29日 MSN産経： 「間違い」と言われ夜通し泣き、デート中も研究忘れず…常識破りの新型万能細胞を開発した小保方晴子さん
2014年1月30日 独立行政法人理化学研究所：細胞外からの強いストレスが多能性幹細胞を生み出す
2014年1月30日 日経：生物学の常識覆す 理研の万能細胞
2014年1月30日 日経：官房副長官、スタップ細胞作製「革新的な再生医療に期待」
2014年1月30日 日経：＜東証＞新日本科学がストップ高 「万能細胞」で連想の買い
2014年1月30日 読売新聞：論文一時は却下…かっぽう着の「リケジョ」快挙
2014年1月30日 読売新聞：特許出願…発明者にリケジョ・小保方さんの名も
2014年1月30日 読売新聞：重要な研究成果を発信、誇りに思う…山中教授
2014年1月30日 MSN産経：「革命的だ」「また日本人科学者が…」 海外研究者からも賛辞
2014年1月30日 MSN産経：「素晴しい」加藤副長官「革新的再生医療へつなげて」
2014年1月30日 MSN産経：「日本にとって誇り」 下村文科相「支援考えたい」
2014年1月30日 MSN産経：「卒業してたった３年の輝かしい成果に驚き」 大学時代の小保方さん指導教員
2014年1月30日 毎日新聞：Simple, new method for reprogramming body cells discovered
2014年1月30日 毎日新聞：クローズアップ２０１４:万能細胞、初の作製 ｉＰＳ上回る可能性
2014年1月30日 毎日新聞：万能細胞:作製の小保方さん おしゃれ好き、努力家「新星」
2014年1月30日 毎日新聞：万能細胞:マウスで初の作製 簡単、がん化せず 「ＳＴＡＰ細胞」命名−−理研など
2014年1月30日 毎日新聞：万能細胞:「革命的」 海外称賛、恩師も祝福
2014年1月30日 毎日新聞：万能細胞:ｉＰＳ超える、ＳＴＡＰ細胞 作製容易、がん化回避 理研など、マウスで成功
2014年1月30日 毎日新聞：万能細胞:世界仰天、不屈の３０歳 ＳＴＡＰ細胞「酷評」５年、試行錯誤 「涙した夜、数知れず」
2014年1月30日 毎日新聞：ニュース・サプリ:きょうの言葉 最初は誰も信じてくれず、やめてやると、泣き明かした夜も数知れない
2014年1月30日 毎日新聞：Young Japanese scientist leads her team to major stem cell discovery
2014年1月30日 毎日新聞：STAP discovery could prove more important than iPS cells
2014年1月30日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:「人間の生命」に高い関心 小保方晴子さん中２時の読書感想文
2014年1月30日 朝日新聞：タカラバイオ株など高い、ＳＴＡＰ細胞報道が材料に
2014年1月30日 朝日新聞：「生物のロマン見ている」 小保方さん会見一問一答
2014年1月30日 朝日新聞：負けん気培養、３０歳大発見 ＳＴＡＰ細胞 小保方晴子さん
2014年1月30日 朝日新聞：（時時刻刻）万能細胞、新時代 ＳＴＡＰ細胞、液に浸して２５分で誕生
2014年1月30日 朝日新聞：刺激だけで新万能細胞 理研、マウスで成功 ＳＴＡＰ細胞
2014年1月30日 朝日新聞：様々な組織へ、高い分化能力 ＳＴＡＰ細胞 小保方晴子リーダー会見
2014年1月30日 朝日新聞：泣き明かした夜も ＳＴＡＰ細胞作製、理研の小保方さん
2014年1月30日 朝日新聞：様々な組織へ 高い分化能力 ＳＴＡＰ細胞
2014年1月30日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞「大変革」 世界が興奮、米指導教授も称賛
2014年1月30日 朝日新聞：SCIENCE／（時時刻刻）万能細胞、新時代 ＳＴＡＰ細胞、液に浸して２５分で誕生
2014年1月30日 読売新聞：かっぽう着の「リケジョ」、柔軟発想で快挙
2014年1月31日 日経：ＳＴＡＰ細胞生んだ２つの「型破り」(真相深層)
2014年1月31日 日経：「夢のある研究成果」 ＳＴＡＰ細胞作製成功に田村厚労相
2014年1月31日 日経：首相、小保方さんを称賛 「世界を驚かせた」
2014年1月31日 MSN産経：ＳＴＡＰ細胞 広い視野で独創支えたい
2014年1月31日 MSN産経：「世界驚かせた」安倍首相、ＳＴＡＰ細胞の小保方さんを称賛
2014年1月31日 朝日新聞：なぜSTAP細胞は驚くべき発見なのか――STAP細胞が映し出すもの 八代嘉美
2014年1月31日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞、国際特許出願 理研など
2014年1月31日 朝日新聞：（社説）新万能細胞 常識を突破する若い力
2014年1月31日 朝日新聞：「ＳＴＡＰ細胞、我が国経済にも画期的」菅官房長官
2014年1月31日 朝日新聞：新万能細胞―常識を突破する若い力
2014年1月31日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞作製方法、国際特許を出願 理研など
2014年1月31日 朝日新聞：楽天は持ち直す、好決算への期待強くＳＴＡＰ細胞の割烹着も思惑
2014年1月31日 朝日新聞：EDITORIAL／社説―新万能細胞
2014年1月31日 日テレ： ＳＴＡＰ細胞 脊髄損傷のサル治療で実験中 （ニュース）（日テレ　YouTube）
2014年1月31日 日本経済新聞：ＳＴＡＰ細胞、サルで実験 米大「驚くべき結果」 脊髄損傷治療で
2014年1月31日 MSN産経：サルで実験 ハーバード大、脊髄損傷を治療
2014年1月31日 MSN産経：ＳＴＡＰ細胞 中国、韓国も報道 「より早く、安く、安全に」世界が称賛
2014年1月31日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:「人間の生命」に高い関心 小保方晴子さん中２時の読書感想文
2014年1月31日 毎日新聞：万能細胞:作製の小保方さん、中２から命に関心 人間の世界、スバラシイ 読書感想文で県最優秀賞
2014年1月31日 毎日新聞：社説:ＳＴＡＰ細胞 驚きの成果を育てよう - 毎日新聞
2014年1月31日 毎日新聞：余録:水の表面が盛り上がる「表面張力」の研究で…
2014年1月31日 毎日新聞：ニュース交差点:科学 万能細胞「ＳＴＡＰ細胞」初の作製
2014年1月31日 毎日新聞：なるほどヒヨコ:細胞の初期化って？ - 毎日新聞
2014年1月31日 毎日新聞：万能細胞:人間の世界、スバラシイ 小保方さん、中２で「生命」に関心 青少年読書感想文で県・最優秀賞
2014年1月31日 毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ細胞、研究推進を狙い特定法人指定へ
2014年1月31日 毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ、国際特許出願 理化学研究所など米に
2014年1月31日 毎日新聞：Research institutes applied for int'l patent on STAP-cell technology
2014年1月31日 毎日新聞：
2014年1月31日 STAP細胞 小保方晴子の素顔
2014年2月1日 読売新聞：ＳＴＡＰ細胞 理系女子の発想が常識覆した（2月1日付・読売社説）
2014年2月1日 毎日新聞：万能細胞:くじけなかったハルコ ＳＴＡＰ細胞、５年前の小保方さん ハーバード大時代に研究で壁、悔し涙
2014年2月1日 朝日新聞：山梨）「あり得ないこと起きた」 小保方さん共同研究者
2014年2月1日 朝日新聞：リケジョでグローバル志向？ 私立中学入試始まる
2014年2月1日 朝日新聞：（声）新たな万能細胞 生命の神秘
2014年2月2日 朝日新聞：キスでお目覚め「お姫様細胞」 小保方さん幻の命名案 ＳＴＡＰ細胞
2014年2月2日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞、競争号砲 特許出願、昨年４月 理研など
2014年2月3日 読売新聞：小保方さん、熱意違った…共同研究の若山教授
2014年2月3日 毎日新聞：Ｌｉｓｔｅｎｉｎｇ:質問なるほドリ：リケジョってどんな人？＝回答・元村有希子
2014年2月3日 毎日新聞：万能細胞:「ＳＴＡＰ細胞」作製に貢献 小保方さん支え続けた山梨大・若山教授 特殊マウスなど提供
2014年2月3日 毎日新聞：サイエンスフェア:科学に関心を、小保方さんに続け 研究者の卵、議論熱く 神戸で理系高生ら成果発表
2014年2月3日 毎日新聞：ニュース再生:再生医療に期待、ＳＴＡＰ細胞 人体へ応用焦点
2014年2月3日 毎日新聞：News Navigator: Are there many women in science-related fields?
2014年2月3日 朝日新聞：（乃木坂Ｃｈｏｉｃｅ：山崎怜奈）ＳＴＡＰ細胞に期待！
2014年2月4日 日経：リケジョに繋がる「ふえるわかめ」と「味の素」 編集委員 田中陽
2014年2月4日 朝日新聞：（声）若者よ 独自の道切り開け
2014年2月5日 日経：理研、新万能細胞「ＳＴＡＰ」で京大と研究
2014年2月5日 朝日新聞：（声）若い世代の活躍が私にも刺激
2014年2月6日 日経：＜ＪＱ＞リプロセルが一時ストップ高 STAP細胞は「大きなプラス材料」
2014年2月6日 読売新聞：「ＳＴＡＰ細胞オールジャパンで」…山中教授
2014年2月6日 読売新聞：山中教授、小保方さん称賛…「日本挙げ研究を」
2014年2月6日 毎日新聞：独創の系譜:海越え連携、ＳＴＡＰ細胞 常識覆した日米トップ研究者
2014年2月6日 毎日新聞：独創の系譜:海越え連携、ＳＴＡＰ細胞 常識覆した日米トップ研究者 小保方晴子・研究ユニットリーダーに
2014年2月6日 毎日新聞：小保方晴子さん:万能細胞「ＳＴＡＰ細胞」研究 かっぽう着姿で実験 「リケジョ」今、注目！
2014年2月6日 毎日新聞：万能細胞:人から初のＳＴＡＰ細胞か 中辻憲夫・京都大教授の話
2014年2月6日 毎日新聞：万能細胞:なぜ「ＳＴＡＰ」と命名？ 小保方さんに聞く
2014年2月6日 毎日新聞：文科省:指導的な女性研究者倍増へ 予算拡充を検討
2014年2月6日 朝日新聞：（発見 ＳＴＡＰ細胞）万能細胞、三様の役割 ＥＳ・ｉＰＳと比較
2014年2月6日 朝日新聞：理研と京大、ＳＴＡＰ細胞で連携へ
2014年2月6日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞でがん研究 共通する特徴、予防・治療の道探る
2014年2月6日 朝日新聞：万能細胞 三様の役割 ＳＴＡＰ細胞発見
2014年2月6日 朝日新聞：ヒトのＳＴＡＰ細胞作製か ハーバード大、証明はまだ
2014年2月6日 朝日新聞：SCIENCE／ＳＴＡＰ細胞でがん研究 共通する特徴、予防・治療の道探る
2014年2月6日 MSN産経：人で初のＳＴＡＰ細胞か ハーバード大が写真公表 変化する能力を確認中
2014年2月6日 日刊スポーツ：人で初のＳＴＡＰ細胞か
2014年2月7日 毎日新聞：憂楽帳:かっぽう着
2014年2月7日 毎日新聞：みんなの広場:勇気与える女性研究者の執念＝無職・藤田修三・６７
2014年2月7日 毎日新聞：発信箱:名もなき科学者に＝青野由利
2014年2月7日 毎日新聞：女性研究者:「第２の小保方さん」倍増を 文科省が育成策検討
2014年2月7日 毎日新聞：なるほどヒヨコ:リケジョってどんな人？
2014年2月7日 女性セブン2014年2月20日号：車椅子が要らなくなる？ 「STAP細胞」で何が実現されるのか
2014年2月8日 毎日新聞：山中・京都大教授:ＳＴＡＰまだ小学生、ｉＰＳの蓄積役立つ 「協力する」
2014年2月8日 毎日新聞：山中伸弥氏:「ＳＴＡＰ研究に協力、小保方さん大歓迎」
2014年2月8日 毎日新聞：山中・京都大教授:ＳＴＡＰ細胞、協力したい ｉＰＳ研究所長、ノウハウ蓄積役立つ
2014年2月8日 毎日新聞：天文学者の日々:／１２４ 存在しない論文に真の答えがある ／愛媛 -
2014年2月8日 毎日新聞：子どもたちの伝言:うずしおの地から／２７９ リケジョ ／四国
2014年2月8日 毎日新聞：青少年読書感想文全国コンクール:表彰式 文科大臣奨励賞、筑紫女学園中・柳原さん晴れ姿 「将来は生物を学びたい」 ／福岡
2014年2月9日 毎日新聞：みんなの広場:小保方さんに触発されて＝塾経営・岩本和彦・６１
2014年2月9日 毎日新聞：みんなの広場:若手研究者から学ぶべきこと＝高校生・孫美麗・１７
2014年2月9日 毎日新聞：記者と学校交流:いのちを守る科学、元村編集委員講演 文京区立音羽中で ／東京
2014年2月9日 朝日新聞：（声）自然のパズル 挑むリケジョ
2014年2月9日 朝日新聞：（声）割烹着 エプロン派も見直す
2014年2月10日 日経：山中教授 「ＳＴＡＰ細胞の研究に最大限協力」
2014年2月10日 読売新聞：リケジョ 紀の国でも奮闘…和歌山
2014年2月10日 毎日新聞：私立高入試:関西３府県一斉スタート 理系女子に狭き門も
2014年2月10日 毎日新聞：山中所長:「ｉＰＳ細胞にがん化リスクなど三つ誤解ある」
2014年2月10日 朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞「ノウハウ教えて」 山中教授が会見で称賛果」
2014年2月11日 毎日新聞：ｉＰＳ細胞:「ｉＰＳがん化リスク高い」は誤解 ＳＴＡＰ開発受け、山中教授指摘
2014年2月11日 毎日新聞：ｉＰＳ細胞:「がん化リスク高い」誤解 山中教授が会見
2014年2月11日 毎日新聞：Creator of iPS cells decries '3 misconceptions' vs STAP cells
2014年2月12日 毎日新聞：ニュース交差点:科学 「がん化リスク高い」誤解、ｉＰＳ細胞・山中教授会見
2014年2月13日 読売新聞：ＳＴＡＰ細胞…生命の不思議を改めて感じさせる世紀の発見
2014年2月13日 毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞・私の見方:まだ２０点、本質的な研究を 笹井芳樹、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター副センター長
2014年2月13日 朝日新聞：（発見 ＳＴＡＰ細胞）医療への応用、欧米に遅れるな 中辻憲夫・京大教授に聞く
2014年2月14日 読売新聞：ｉＰＳ細胞への誤解、山中教授がＨＰで「懸念」
2014年2月14日 読売新聞：「ｉＰＳ細胞、がん化リスク克服」山中教授声明
2014年2月14日 毎日新聞：総合科学技術会議:革新５テーマ決定 マネジャー３月公募
2014年2月14日 毎日新聞：小保方晴子さん:科技会議欠席
2014年2月15日 読売新聞：簡単な手法で万能細胞
2014年2月15日 朝日新聞：（ニュースのおさらい）ＳＴＡＰ細胞って一体何なの？
2014年2月16日 毎日新聞：くらしナビ・学ぶ:教えて！デスク 「ＳＴＡＰ細胞」とは？
2014年2月16日 毎日新聞：京都・読書之森:素顔の山中伸弥 記者が追った２５００日 ／京都
2014年2月18日 毎日新聞：黒木華:かっぽう着が幸運運んだ？「みんな使えばいいのに」
2014年2月20日 朝日新聞：安全性の差、検証これから ＳＴＡＰ細胞
2014年2月21日 毎日新聞：季語刻々:東風吹いて日本のリケジョ立ち上る
2014年2月21日 毎日新聞：小説:小保方さんが感想文の題材本 販売急増
2014年2月21日 毎日新聞：毎日ジャーナリズム:【紙面審ダイジェスト】ＳＴＡＰ細胞 「リケジョ」の表現はあえて避けた？ （その１、その２、その３、その４）
2014年2月25日 毎日新聞：大学入試:国公立大２次試験始まる リケジョ志願、増加中 「専門知識生かし活躍、すてき」
2014年2月28日 毎日新聞：記者有情:リケジョ ／福岡
 
 
 

理化学研究所は、約１０年前に、別の研究不正事件があったが、不正調査や記者発表の仕方が杜撰であったため、論文撤回を強要されたり、不正に関与したかのようのに発表されたコレスポ含むその他の共著者によって訴えられたことがある。